يعتبر برنامج هندسة المياه والبيئة أكبر برنامج للدراسات العليا في مجال هندسة المياه والبيئة في فلسطين. وهو مصمم لتخريج مهندسين مؤهلين و ذوي مهارات نظرية وتطبيقية عالية لتوظيف هندسة المياه والبيئة لخدمة احتياجات المجتمع الفلسطيني من حيث الدراسة والمراقبة والوصف والنمذجة والتحكم. ومتابعة القضايا والجوانب المتعلقة بالوضع الحالي والمستقبلي للمشاكل المتعلقة بهندسة المياه والبيئة مع التركيز بشكل خاص على المشاريع الفلسطينية. يركز المرشحون على الهيدرولوجيا السطحية وتحت السطحية ، والاحتمالات والإحصاءات الهندسية ، والكيمياء المائية ، ومعالجة المياه ومياه الصرف الصحي ، والصرف الصحي والصحة العامة ، ومختبر جودة المياه ، والهندسة الهيدروليكية المتقدمة ، وتصميم الهياكل الهيدروليكية ، ونقل الرواسب ، وإدارة موارد المياه ، والري وأنظمة الصرف الصحي وإدارة النفايات الصلبة ونمذجة جودة المياه وتقييم الأثر البيئي.